Nagy István agrárminiszter szerint ezen szervezetek aktív közreműködése nélkülözhetetlen a biológiai sokféleség fenntartásában és az ország fával borított területének folyamatos megtartásában és növelésében. A teremtett világ megóvása mindannyiunk közös érdeke. A természetvédelem azonban sajátos terület, hiszen az állami erőfeszítés, a jogszabályalkotás, illetve a nemzeti parkok és erdészeti társaságok több mint hatezer kollégájának a terepmunkája rendkívül fontos, de a helyben élők, az önkormányzatok és a civil szervezetek támogatása nélkül nem érne célt.
Magyarország rendkívül egyedülálló helyzetben van, hiszen teljes területének csaknem egyharmada természetközeli állapotban maradt fent. Ezek a területek azonban az emberi tevékenységnek köszönhetően feldarabolódtak, a jó természetvédelmi állapot megőrzése pedig a nemzeti parkok és erdészetek folyamatos beavatkozását és munkáját igényli.
Természeti kincseink megőrzése és a fával borított területek gyarapítása érdekében a tárca számos szakmai feladatban együttműködik a Magyar Természetvédők Szövetségével (MTVSZ), a Magyar Madártani és Természetvédelmi Egyesülettel (MME), a WWF Magyarországgal, valamint az Országos Erdészeti Egyesülettel (OEE). Ez a stratégiai partnerség most magasabb szintre lép azzal, hogy ezek a szervezetek a gyakorlati szakmai munkában lesznek az Agrárminisztérium partnerei, amelyhez a szükséges plusz forrást is biztosítják.
A MTVSZ széleskörű tájékoztató tevékenységet végez a Nemzeti Biodiverzitás Stratégia végrehajtásával kapcsolatban, segíti a természetvédelmi szempontok ágazati politikákba való integrációját, különös tekintettel az uniós fejlesztési forrásokból megvalósuló programokra. A WWF úttörő szerepet játszik a legmagasabb biodiverzitású hazai erdőállományok nyilvántartásában, a feltáró munka tudományos módszertani hátterének megalapozásában és a nemzeti természeti erdőkincseink széleskörű bemutatásában. A Magyar Madártani és Természetvédelmi Egyesülettel folytatott együttműködésükben a minisztérium és a szervezet rendszeresen megosztja egymással a védett fajok előfordulására és veszélyeztető tényezőire vonatkozó adatokat. Ennek is köszönhető, hogy Magyarország európai uniós jelentési kötelezettségét a madárvédelmi irányelv végrehajtásáról magas színvonalon tudja teljesíteni az állami természetvédelem. Az OEE Magyarország egyik legrégebbi és az erdész társadalom legnagyobb szakmai, zöld civil szervezete. Az egyesület a támogatást a környezeti nevelési, ismeretterjesztési, szemléletformálási, valamint erdőkkel összefüggő nyilvántartási feladatokra fordítja. A szervezet mindezek mellett különös figyelmet szentel a fenntartható és természetközeli erdőgazdálkodásra is.